主要研究方向

1. 化学计量学新算法的开发

2. 化学计量学算法在临床快速诊断及样本定量分析中的应用

3. 临床基因组学数据分析与建模

主要工作业绩

主持科研项目：

1. 国家自然科学基金（面上），基于转录组学大数据的临床复杂样本单类细胞定量解析方法研究，2016 – 2019。

2. 国家自然科学基金（青年），化学计量学在基因表达定量解析及临床预测模型构建中的应用研究，2013 – 2015。

3. 国家重点实验室开放基金，复杂生物样本基因表达数据定量解析方法研究，2011 –   2013。

4. 竞博JBO官网青年教师科研启动基金，基于机器学习的蛋白质抗原表位快速识别算法研究，2007 –   2008。

部分参研项目：

1. 国家高技术研究发展计划（863 计划），组学大数据的质量控制与临床应用标准化研究，2015 – 2017。

2. 国家973中药专项课题，平性药药性本质及其调节机体平衡科学内涵的研究，2008– 2011。

3. 教育部立项项目，信息技术辅助化学基础课程的建设。2008 –   2010。

学术专著：

1. 李梦龙，文志宁，熊庆。《化学信息学》，“十一五”国家级规划教材，化学工业出版社，2011。

部分获奖及荣誉：

1. 2015年，教育部高等学校科学研究优秀成果奖（自然科学二等奖）。（第三完成人）

2. 2014年，课堂教学质量优秀奖。

3. 2014年，大学生课外科技实践活动优秀指导教师。

4. 2008年，四川省教改成果三等奖。（第三完成人）

5. 2007年，竞博JBO官网青年骨干教师奖。

代表性成果 (获奖成果、专著、论文、专利)

 代表性成果

1. Yuan Liu; Yu Liang; Qifan Kuang; Fanfan Xie; Yingyi Hao;   Zhining Wen*; Menglong Li*, Post-modified non-negative matrix   factorization for deconvoluting the gene expression profiles of specific cell   types from heterogeneous clinical samples based on RNA-sequencing data. Journal   of Chemometrics2017, e2929. DOI: 10.1002/cem.2929.

2. Jiwei Xue; Fanfan Xie; Junmei Xu; Yuan Liu; Yu Liang; Zhining   Wen*; Menglong Li*. A New Network-Based Strategy for Predicting the   Potential miRNA-mRNA Interactions in Tumorigenesis. International Journal   of Genomics2017, Article ID 3538568.

3. Junmei Xu; Runyu Jing; Yuan Liu; Yongcheng Dong; Zhining   Wen*; Menglong Li*. A new strategy for exploring the hierarchical   structure of cancers by adaptively partitioning functional modules from gene   expression network. Scientific Reports2016, 6:28720.

4. Huijun Wang; Liqiu Huang; Runyu Jing; Yongning yang;   Keqin Liu; Menglong Li; Zhining Wen*. Identifying oncogenes as   features for clinical cancer prognosis by Bayesian nonparametric variable   selection algorithm. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems2015,   146, 464-471.

5. Yuan Liu; Runyu Jing; Junmei Xu; Keqin Liu; Jiwei Xue; Zhining   Wen*; Menglong Li*. Comparative analysis of oncogenes identified by   microarray and RNA-sequencing as biomarkers for clinical prognosis. Biomarkers   in medicine2015, 9, 1067-78.

6. Liqiu Huang; Runyu Jing; Yongning Yang; Xuemei Pu;   Menglong Li; Zhining Wen*; Yi Li*. Characteristic wavenumbers   of Raman spectra reveal the molecular mechanisms of oral leukoplakia and can   help to improve the performance of diagnostic models. Analytical Methods2015,   7, 590.

7. Lina Jiang; Liqiu Huang; Qifan Kuang; Juan Zhang;   Menglong Li; Zhining Wen*; Li He*. Improving the prediction of   chemotherapeutic sensitivity of tumors in breast cancer via optimizing the   selection of candidate genes. Computational Biology and Chemistry2014,   49, 71-8.

8. Di Wu; Gang Yang; Lifang Zhang; Jiwei Xue; Zhining   Wen*; Menglong Li*. Genome-wide association study combined with   biological context can reveal more disease-related SNPs altering microRNA   target seed sites. BMC genomics 2014, 15, 669.

9. Juan Zhang; Lifang Zhang; Gang Yang; Di Wu; Lina Jiang;   Liqiu Huang; Zhining Wen*; Menglong Li*. Nonnegative matrix   factorization for the improvement in sensitivity of discovering potentially   disease-related genes. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems2013,   126, 100-107.

10. Lifang Zhang; Juan Zhang; Gang Yang; Di Wu; Lina Jiang;   Zhining Wen*; Menglong Li*. BMC Bioinformatics2013,   14, 143.

11. Zhining Wen; Zhijun Wang; Steven Wang;   Ranadheer Ravula; Lun Yang; Jun Xun; Charles Wang; Zhong Zuo; Moses S.S.   Chow; Lengming Shi*; Ying Huang*. Discovery of Molecular Mechanisms of   Traditional Chinese Medicinal Formula Si-Wu-Tang Using Gene Expression   Microarray and Connectivity Map. PLoS ONE2011, 6: e18278.